天才・桐山vs悪女・光子、そして前回優勝者の川田の過去が明らかに『バトル・ロワイアル』13巻【ネタバレ注意】

極東の全体主義国家「大東亜共和国」では、全国の中学3年生のクラスから毎年50クラスを無作為に選び出し、「プログラム」と称する殺人ゲームを実施していた。

プログラムに選ばれた生徒たちはゲームのために確保されたエリアに集団で送り込まれ、生き残りが一人になるまで殺し合いをするのがルール。

孤児院育ちだがいつも前向きで明るい主人公の七原秋也のクラスがプログラムの対象に選ばれ、クラスの42人は修学旅行のバスの中で眠らされ、ゲームの舞台となる島「沖木島」へ送り込まれてしまう。

わけもわからないまま殺し合いの幕が上がり、秋也は幼馴染が想いを寄せていた女子生徒の中川典子を助けつつ前回のプログラム優勝者である川田と協力して仲間を集めつつこのゲームからの脱出を目指すことに。

他方、並外れた頭脳と冷徹さ、身体能力を持つ不良たちのカリスマ桐山和雄が気まぐれで舎弟を殺し、さらに停戦を呼び掛けた女子2人も惨殺、さらにクラス1の悪女である相馬光子も次々とクラスメイト達を殺害していく。

生徒達につけられた首輪は盗聴されているが、秋也の親友である三村は叔父から仕込まれたハッキングの技術などを武器に、合流した親友の瀬戸と協力してプログラムそのものをぶっ壊す作戦を立てる。

しかし三村たちは叔父の形見である爆弾の雷管を切り札に嘉門らがいる分校の爆破作戦を画策するも、桐山に強襲されて命を落としてしまった。

秋也たちも一度桐山に襲われた際に秋也が囮となって川田と典子を逃がし、合流した拳法家で親友の杉村の助けもあって秋也は杉村と共に海に逃れて流れ着いた浜で女子グループと遭遇することに。

秋也と杉村が出逢ったのは灯台で籠城していた女子グループ。

まだ目を覚まさない秋也に対して杉村は再会を誓う意味を込めて投げナイフを1つ預け、片思いの相手である琴弾を探すために再び出立。

その後秋也が目を覚ますが、秋也が皆を騙そうとしている悪魔だと勘違いした女子が食事に毒を盛ろうとしたのが発端でパニックと殺し合いの連鎖が起きてしまった。

結果として女子グループは全員が死亡し、秋也は死んでいった三村や守ることができなかった女子達を弔ってもう誰も死なせないことを決意し、再び前を向いて川田・典子と無事に合流を果たした。

他方、杉村は無事に生き延びていた琴弾を奇跡的に見つけ出すことに成功するも、秋也たちとの合流を目指すところで桐山に襲われ、死闘の末に杉村と琴弾は桐山に殺されてしまった。

残るは秋也・典子・川田の3人と桐山、そして光子だけ。

自分たちとは根本的に違う桐山に対しても秋也はまだ、歩み寄ることを諦めないのであった。