初夏、友達と下校中だった高校生・永井圭は、交通事故に遭い轢死するがすぐに生き返り、決して死なない「亜人」だと判明する。
亜人のテロリストである佐藤が亜人に対して政府や民間企業が行ってきた非人道的な研究を世間に暴露し、「大量虐殺して亜人の力を国民に認めさせる」という目的に向かう亜人の同志を見つけて殺害予告リストを公表、田中や奥山・高橋・ゲンといった仲間たちとテロを起こしながら世間を恐怖のどん底に陥れた。
平穏な暮らしを取り戻したい圭は、佐藤に反発する亜人の少年・中野 攻と行動を共にすることとなり、政府機関である亜人管理委員会の戸崎 優やその部下で亜人の下村 泉らとチームを組んで佐藤を止めるために行動を開始する。
佐藤の脅威と恐怖を目の当たりにした厚労大臣が弱腰になり佐藤との和解に舵を切る一方、独自に動いた戸崎たちは亜人研究の第一人者・オグラ博士を味方にしながら作戦を練るが、フォージ安全ビルでの死闘で完全敗北を喫してしまう。
圭たちは佐藤を止めるラストチャンスである亜人管理委員会と佐藤達の会談の場所へと向かうが、会談の場に姿を現したのは強硬に流血沙汰を回避しようとしていた田中だけだった。
当の佐藤は同日に開催されていた自衛隊の入間基地祭に侵入、佐藤の侵入に気づいた三尉が部下たちを率いて戦闘態勢に入るなか、戸崎も邪魔者である曾我部を排除する。
それぞれの戦いの場へと向かうなか、泉が佐藤に裏切られた田中を救出して味方に引き入れ、田中の情報を元に監禁されていた亜人の消防士・秋山も味方に加わり、奥山も引き際を見極めて佐藤一派から離反した。
一方、基地では佐藤達が集めた一般人の同志たちも奇襲に加わり、混乱の隙を突いて高橋とゲンが基地に侵入し、佐藤自身は自衛隊を壊滅させ、戦闘機に乗って国の重要機関に次々と自爆特攻を仕掛ける最終ウェーブを開始。
国会議事堂が最初に狙われて国のトップを担う人物たちが命を落とすなか、圭は佐藤が復活するために基地内に残していた左腕の肉片を奪取し、狭い穴に落として復活すれば動けなくなるように罠を仕掛けた。
しかし戦闘機による自爆特攻の繰り返しにも飽きた佐藤は、急遽方針を変えて圭のいる入間基地に特攻、基地で大爆発が起こり、圭は為すすべなく佐藤と対峙することに。
そこに少年院から脱走して駆け付けたカイが乱入するが、カイが撃たれたことをきっかけに圭のフラッドが発現。
大量のIBMが黒い竜巻から降り注ぎ、基地が大量のIBMが溢れかえるなか、自身のIBMが調達してきたヘリで逃亡を図る佐藤。
圭がヘリで逃げようとする佐藤に追いすがり、地面に叩きつけられて一時的な記憶喪失になりながらも瞬時に自分の状況を理解して自殺・リセットした圭が先回りを狙う。
他方、市街地では大量のIBMへの対応に追われる攻たち。
果たして戦いの結末は―。
最終巻のあらすじを振り返ってみましょう。以下ネタバレ注意です。
亜人にとってのリスク
時は遡り、圭と攻が初めて2人で組んで村から脱出するとき。
真夜中の海に飛び込んで逃げる手段を取った2人だが、圭が飛び込む際の気絶などのリスクを注意する前に攻が後先考えずに飛び込んでしまう。
短絡的な中野にあきれつつ、圭は着水時に気絶や意識を消失するリスクが亜人にとって最も危険であることを説明。
中卒の攻には難しくて理解できなかったが、圭は「絶対に勝ちたい」という気持ちのもと、本気で佐藤と戦うために考えているのだった。
大量のIBM達が自己崩壊を始める
場面は変わり、現在の入間基地周辺。
押し寄せるIBM達から肉の壁となって市民を守っていた攻と秋山は、IBM達が突然崩壊を始めたことで守り抜くことに成功する。
市街地でもIBMの自己崩壊が始まり、混乱は終息へ。
死を受け入れていたオグラ博士もIBMの手にかかる寸前で助かり、キョトンとするのだった。
まだ圭が粘っているはず
ヘリとの合流を目指してバイクで逃走する佐藤。
攻たちは状況の把握を急ぐが、泉らと連絡が取れたころには佐藤がヘリで基地外へ飛び去ったことがニュースで報道されていた。
対亜人特選群は乗っていたヘリからして佐藤がもう遠くへと逃げたと判断し、撤収の準備を始める。
しかし諦めきれない攻は、「ヘリに圭がぶら下がっていた」という泉の言葉からまだ戦いが続いていると確信。
圭が戦い続けていることを信じて、その場所を探すのだった。
圭と佐藤 最後の勝負
川の向こう岸に着陸したヘリを確認した佐藤は、バイクから下りて川を泳いで渡ることにした。
背後からようやく追いついた圭だが、武器は無く息も絶え絶えで、IBMもフラッドの後ではほとんど出せない状況。
佐藤が川に飛び込む前という最後のチャンスに、無策で挑まざるを得ない。
脳裏に浮かんだのは、攻と海に飛び込んだ時に自分が説明した意識消失のリスクのみ。
今すぐに行動を起こさなければ、何も変えることはできない―。
佐藤は圭の姿を確認して川へ飛び込もうとし、圭も追って走り出す。
と、佐藤は圭の傷が癒えていることから「圭がリセットして再生した＝記憶喪失の状態から自らリセットする決断を下せた」ことを悟り、圭のことを認めてあえて最後の挑戦を受けることにした。
最後の勝負として、仁王立ちで構えながら亜人同士の最高の戦いのスリルを楽しむ佐藤。
圭はそのまま佐藤にタックルし、2人もろとも川へダイブするのだった。
ついに佐藤を確保
後頭部から水面に叩きつけられた佐藤は、圭と共に川に沈みながら薄れゆく意識のなかで戦いに明け暮れた記憶を思い返していた。
佐藤を助けるために川へ入った佐藤のIBMも、最後に「いやぁ…楽しかったね」と佐藤に語りかけながら自己崩壊を起こして消えていく。
他方、圭の居場所を必死に探す攻は、初めて自分が圭を見つけたときと同じようにIBMの出す黒い狼煙が上がっていることに気づいた。
攻たちがその場所に急行すると、そこには川の中で気絶した佐藤を抱えて泳ぐ圭の姿が。
不死の力で誰にも止めることができなかったあの佐藤が、本当に気絶。
最後まで諦めなかった圭が、佐藤の確保に成功したのだった。
事態は収束へ
確保された佐藤は亜人を搬送するために特注された合金の棺桶に入れられ、対亜人特選群が移送していった。
常に麻酔管理され身動きもまったく取れない棺桶で、さすがの佐藤も逃げるどころか意識を取り戻すことさえできない。
「協力に感謝する」という言葉を圭に残し、ヘリで飛び立っていく対亜人特選群。
その後、様々な事後処理の中で、亜人だと判明した立花姫子議員が新亜人管理法案が白紙に戻し、戸崎による亜人管理委員会の悪行が事実だったことも確認される。
戸崎はそのまま記者会見後に遺体となって発見され、戸崎の資料で嫌疑が晴れた圭は「行方不明」に、そして佐藤も勾留先で「寿命により死亡」と報道され、世間は元の日常へと落ち着いていった。
エピローグ
それから時が経ち、戸崎が生前に用意した新たな身分を得た田中と泉は、2人で新たな生活を始めることに。
オグラ博士はアメリカの研究施設へと戻り、スズキ・ジュンら元の仲間たちと再会を果たす。
佐藤に加担していた高橋ら亜人の協力者たちは特殊な檻に収監され、少年院に戻ったカイは琴吹と共に出所が決まる。
カイは自分の身に何が起きたのか理解できておらず、琴吹のIBMも見えないことから完全な亜人にはならなかったようだ。
秋山は家族のもとに帰り、真鍋も平穏を取り戻した街に姿を消していった。
場所も時刻も不明のアメリカのとある砂漠にある極秘の研究施設では、厳重警備のなか亜人を殺す方法が見つかるまで亜人が冷凍保存されていた。
この先200年間は生かさず殺さず保管できるカプセルの表面には「Samuel T. Owen "Sato"」の文字が。
そして佐藤逮捕の貢献者として有名になった圭は攻と共に静かな場所に身を置き、戸崎が用意してくれていた新たな名前と身分を使って第2の人生を歩むことを決意。
圭の目標は「医者になること」。
攻に別れを告げ、トラックにまた撥ねられながらももう動じることは無い。
こうしてそれぞれの新たな人生が始まるのであった。
【17巻(完)のまとめ】
市街へ氾濫したIBM達は時間と共に自己崩壊を起こして消滅。
そして佐藤に追いついた圭は最後の勝負で佐藤と共に川にダイブし、後頭部を水面に叩きつけて気絶させることに成功した。
駆け付けた対亜人特選群によって佐藤は特注の棺桶に入れられて移送され、長きにわたる混乱は終息へと向かう。
佐藤は表向きは死亡として処理され、アメリカの極秘施設で亜人に関する研究が進むまでの間冷凍保存、世間では亜人に対する規制が見直されていく。
圭たちもまた、戸崎が生前に用意していた新たな名前と身分で、それぞれの新たな人生を歩み始めるのだった。
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