宮本青果店の店長の息子である宮本明は、謎の女青山冷との出会いで数年前に婚約者と共に行方不明になった兄が冷の故郷である彼岸島で生きていることを知る。
その島は吸血鬼たちに侵された島であり、冷も母と妹を吸血鬼たちに人質にとられていた。
明の兄と冷を助けるため、明は幼馴染のケン・ユキ・西山・加藤・ポンたちや知人たちを集めて彼岸島へ乗り込み篤と再会を果たすが、吸血鬼と化した村人たちの奇襲や血が不足したことで狂暴化した邪鬼、そしてその邪鬼をもサイコジャックで手懐けるボス・雅が立ちはだかる。
2年前に雅を解放したことで全ての悪夢が始まった経緯をもつ篤が死闘の末に雅の首を切り落とすことに成功するも、強い生命力を持つ雅によって脱出は阻まれてしまう。
逃げ遅れていたポンも雅の手によって邪鬼のなりそこないである醜悪な亡者となって命を落とし、明はそのまま篤の師匠でもある島のレジスタンスのリーダーに弟子入りし、8か月が経った。
強くなった明だったが、雅たち吸血鬼たちとの戦いを経て篤や冷が命を落としてしまう。
冷の父にして先住の吸血鬼一族の生き残りであった師匠はレジスタンスのリーダーとして吸血鬼との全面戦争を決めた。
雅の不死を無効化する「501ワクチン」を手に入れ、1つずつ吸血鬼の集落を奇襲して潰すゲリラ作戦を取る明たち。
雅の右腕にして他の吸血鬼の血を混入した混血種（アマルガム）である斧神が立ちはだかるなか、3つの集落を潰すことに成功する。
他方、生き残っていたケンは運悪く吸血鬼ウイルスに感染しながらも、第4の集落である要塞寺に囚われていたユキを救出して命を落としてしまった。
怒れる明は、雅との決着をつけるためワクチンを手に単独で雅がいる五重の塔に乗り込む。
捕虜にした護衛隊長をガイド役に雅のペットである邪鬼・チワワ様をやり過ごすが、2階の番人で強力な催眠の使い手・まり子様を倒して最上階にたどり着いた明。
外では師匠たちが集落へ攻め込み、明と雅の直接対決が始まる。
雅を外壁から蹴落とし重傷を与えることに成功した明だったが、不死の力で再生し形勢逆転されてしまう。
雅は満身創痍の明を屋根裏の研究室へと連れていき、吸血鬼ウイルスを媒介する蚊を日本全土にばら撒く恐るべき計画を口にしながら、明に自分の配下になるよう迫る。
雅の凶行を止めるため、明は雅に応じるふりをしながら内ポケットに忍ばせていたワクチンを雅に打ち込んだ。
雅は苦しみながら倒れ、ついに悲願の勝利が目前に転がり込むのだった。
最終巻のあらすじを振り返ってみましょう。以下ネタバレ注意です。
雅はまだ死んではいない
雅は倒れたが、まだ死んではいない。
痙攣しながら悶える雅の頭を重い顕微鏡で潰しにかかる明。
しかし頭が割れんばかりの耳鳴りが発生する。
まだ雅は生きており、死力を尽くしてサイコジャックを試みているのだった。
共に満身創痍、決闘に終わりが近づく
ついに動かなくなった雅、しかし研究所の床を突き破ってサイコジャックによって操られたチワワ様が姿を現した。
雅はチワワ様を操って自分の身体を背中に乗せて守りつつ、明を追い回す。
ところが雅も万全ではなく、意識を失いかけているのかチワワ様の制御が完璧ではない。
共に満身創痍のなか、2人の決闘に終わりの時が近づくのだった。
ワクチンの効果が切れ、明がまさかの敗北
武器を手に死角からチワワ様の背を駆け上がり、雅の身体へ迫る明。
しかし時すでに遅し。
ギリギリでワクチンの効果が切れた雅は再び不死の力を取り戻し、勝つ術はなくなってしまった。
戦いによって五重の塔の上層部が崩れ落ち、粉塵が晴れる。
するとそこには磔にされた明の姿が露となり、地上で見守っていた師匠たちに絶望を与えるのだった。
与えられた47日間の猶予
明の命を握った雅だが、これまで永く生きてきた中で明との戦いが最高に面白かったと認め、あえて殺さずに遊びとして最後のチャンスを与える。
吸血鬼ウイルスを媒介する蚊を本土に放つまでの47日間を猶予として与え、再び自分を殺しに来いと告げる雅。
雅は置き土産となる刻印として明の顔に爪で大きな切り傷をつけチワワ様の背に乗ってそのまま去っていった。
ボロボロの明は勝利を目前にして逃した悔しさをただ噛みしめる。
雅は去り、日本全土に蚊をばら撒く計画を止めるに再び作戦を練る明たち。
この集落は人間が制圧に成功したことで吸血鬼の残る集落は雅の屋敷がある1か所のみ、そして蚊の育成所は残り3か所。
こうして人間と吸血鬼は互いの存亡を賭けた最後の戦いへと突入していくのだった。
【33巻(完)のまとめ】
あと一歩のところで雅を殺し切ることができなかった明。
しかし明との殺し合いのスリルをまだ味わいたい雅は、日本全土に蚊を撒くまでの47日間を猶予として与え、「再び自分を殺しに来い」と告げて去っていった。
悔しさを噛みしめる明は、再び雅を倒す作戦を練り始める。
残る吸血鬼の集落は1か所、そして蚊の育成所は3か所。
人間と吸血鬼は互いの存亡を賭けた最後の戦いへと突入していくのだった。
次シリーズへ続きます。
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