ヒトのなかにはその正体を隠しながらヒトを狩り、その死肉を食べる喰種が潜んでいる。
平凡な大学生カネキはリゼという喰種の臓器を移植されてしまい、ヒトから喰種になってしまった。
ヒトと喰種の違いに苦しむカネキだが、街の喰種たちが運営する喫茶店「あんていく」の助けを借りながら喰種の世界を学び始める。
カネキは「あんていく」で働きながら、店長や店員であるトーカたちから人間社会に溶け込む術や喰種としての特殊能力である赫子の使い方を学んでいく。
知り合いの喰種のヒナミがCCGの捜査官に狙われると、カネキとトーカが助けに動き、CCG捜査官の真戸や亜門らと戦闘に。
トーカはヒナミと協力して真戸を倒し、カネキは亜門と対峙して足止め。
喰種の本能に抗ってまで亜門を殺したがらないカネキの言葉に、亜門は今まで抱いていた喰種への考えを疑い始めた。
一方、カネキは美食家と呼ばれる喰種「月山」に目をつけられるも、トーカと共に何とか勝利する。
一件落着かと思ったのも束の間、20区にCCG本局から捜査官が増員され喰種を脅かし始めた。
カネキはリゼを探す最中に「アオギリの樹」に連れ去られ、反アオギリの喰種たちと出会うも、ヤモリという喰種から終わらない拷問を受け、ついに大切なものを守るために何かを切り捨てる覚悟を決める。
店長らがカネキの救出に動き、同時にCCGによる「アオギリの樹」掃討作戦が実行されるなか、覚醒したカネキがヤモリ、そしてアオギリの樹の幹部であるアヤト（トーカの弟）を圧倒しアジトを脱出。
だが「アオギリの樹」は掃討されたかに思えたものの、アジトに残っていた喰種たちは囮だった。
他方、脱出したカネキは「あんていく」に帰らないと決め、トーカたちに別れを告げた。
「アオギリの樹」掃討作戦から半年後、カネキは自分の執刀医であり人体実験をしているという嘉納の手がかりを掴み、ついに嘉納を見つけ出したカネキたちだが「アオギリの樹」に加入した鯱らに阻まれた。
嘉納を「アオギリの樹」に奪われたカネキたちに、CCGの捜査官たちが迫るが、共食いを続けたカネキは半赫者となって強い力を手に入れ、篠原を圧倒する。
しかし正気を失い仲間まで傷つけてしまう。
正気に戻ったカネキは深い後悔に苛まれつつも、店長の過去を知ったカネキは「あんていく」に戻る決断をする。
一方CCGは梟が2体いること、その片方が「あんていく」にいることを突き止め、捜査の手を伸ばそうとしていた。
13巻のあらすじを振り返ってみましょう。
鈴屋の過去
幼い頃喰種の「飼いビト」だった鈴屋は数々の残虐行為を受けて育った。
痛覚が鈍くなり精神が破壊されてしまった幼い鈴屋は、子どもながら平気でヒトを殺せるようになってしまった。
CCGに保護されてからも、モラルの概念が全くない鈴屋はアカデミーでも浮いていた。
その後、特例としてCCGに入局した鈴屋は新しい戸籍を得て篠原の下につくことになった。
あんていく解散
「梟討伐作戦」に向けてCCGが動き始める。
亜門のクインケはアキラのアイデアによって修復改良され、捜査員たちはそれぞれ遺書をしたためた。
アキラの同期である滝澤は死ぬかもしれない恐怖に圧し潰されそうになる一方、ヒデも補佐として作戦に参加することを決意した。
対するカネキや店長たちもCCGの動きに勘付き、動き出した。
店長は四方にトーカたちを託し、古参スタッフ「円児」「カヤ」と共にCCGを迎え撃つ。
カネキは20区に大規模な捜査が入ったことを知り、店長たちを助けに行こうとしていた。
ニシキは「必要ないのではないか」と問いかけ、月山は力づくで止めようとするが、カネキの決心は揺らがなかった。
四方は店長を助けに行こうとするトーカを何とか説き伏せ、CCGの手が及ばないところへ連れ出した。
あんていく 対 CCG
捜査官たちは「あんていく」を包囲し突入を試みるが、円児とカヤが立ちはだかり戦力を分散させられてしまう。
かつての部下を率いる円児は捜査官「田中丸」に対峙していた。
田中丸のクインケの特性を見切り勝利を確信した円児だが、予想外の変形をしたクインケにより重傷を負わされてしまう。
一方「鉢川」と対峙していたカヤは有馬に鍛えられた「平子」の参戦により苦戦を強いられる。
その最中、カヤは避難していなかった老人を庇い傷を負ってしまった。
死を覚悟したカヤは大勢の捜査官たちに善戦するが、ついに追いつめられる。
しかしそこへカネキが現れ、とどめを刺そうとしていた鉢川を吹き飛ばしクインケを破壊した。
カネキ参戦
重傷を負った円児を安全な場所へ避難させたカネキは、次にカヤを助けに来た。
カネキは捜査官たちを殺さずクインケを破壊して無力化し、カヤを助け出すことに成功した。
迷路のように入り組んだ地下の「ルートV14」でカヤと落ち合うことを約束したカネキは「あんていく」に向かうが、そこへ亜門が立ちふさがる。
【13巻のまとめ】
CCGは「あんていく」を包囲し、梟駆逐作戦を決行する。
店長はトーカたちを四方に託し、古参スタッフと共にCCGと戦い始めた。
大切な仲間と店を守るため、カネキは制止を振り切り店長たちを助けに向かう。
次巻へ続きます。
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