初夏、友達と下校中だった高校生・永井圭は、交通事故に遭い轢死するがすぐに生き返り、決して死なない「亜人」だと判明する。
亜人のテロリストである佐藤が亜人に対して政府や民間企業が行ってきた非人道的な研究を世間に暴露し、「大量虐殺して亜人の力を国民に認めさせる」という目的に向かう亜人の同志を見つけて殺害予告リストを公表、田中や奥山・高橋・ゲンといった仲間たちとテロを起こしながら世間を恐怖のどん底に陥れた。
平穏な暮らしを取り戻したい圭は、佐藤に反発する亜人の少年・中野 攻と行動を共にすることとなり、政府機関である亜人管理委員会の戸崎 優やその部下で亜人の下村 泉らとチームを組んで佐藤を止めるために行動を開始する。
佐藤の脅威と恐怖を目の当たりにした厚労大臣が弱腰になり佐藤との和解に舵を切る一方、独自に動いた戸崎たちは亜人研究の第一人者・オグラ博士を味方にしながら作戦を練るが、フォージ安全ビルでの死闘で完全敗北を喫してしまう。
圭たちは佐藤を止めるラストチャンスである亜人管理委員会と佐藤達の会談の場所へと向かうが、会談の場に姿を現したのは強硬に流血沙汰を回避しようとしていた田中だけだった。
当の佐藤は同日に開催されていた自衛隊の入間基地祭に侵入、佐藤の侵入に気づいた三尉が部下たちを率いて戦闘態勢に入るなか、戸崎も邪魔者である曾我部を排除する。
それぞれの戦いの場へと向かうなか、泉が佐藤に裏切られた田中を救出して味方に引き入れ、田中の情報を元に監禁されていた亜人の消防士・秋山も味方に加わり、奥山も引き際を見極めて佐藤一派から離反した。
一方、基地では佐藤達が集めた一般人の同志たちも奇襲に加わり、混乱の隙を突いて高橋とゲンが基地に侵入し、総理をシェルターに閉じ込める。
そして佐藤自身は本気の自衛隊と死闘を繰り広げた上に部隊を壊滅させ、戦闘機に乗って国の重要機関に次々と自爆特攻を仕掛ける最終ウェーブを開始。
国会議事堂が最初に狙われて国のトップを担う人物たちが命を落とすなか、圭は佐藤が復活するために基地内に残していた左腕の肉片を奪取し、狭い穴に落として復活すれば動けなくなるように罠を仕掛けた。
しかし戦闘機による自爆特攻の繰り返しにも飽きた佐藤は、急遽方針を変えて圭のいる入間基地に特攻、基地で大爆発が起こり、圭は為すすべなく佐藤と対峙することに。
そこに少年院から脱走して駆け付けたカイが乱入するが、カイが撃たれたことをきっかけに圭のフラッドが発現。
大量のIBMが黒い竜巻から降り注ぎ、佐藤は初めての光景に狂喜乱舞しながら自分のIBMと圭のIBMを交錯させて更なるフラッドを起こして遊び始めた。
基地が大量のIBMが溢れかえるなか、自身のIBMが調達してきたヘリで逃亡を図る佐藤。
果たして圭は佐藤を止めることができるのか―。
16巻のあらすじを振り返ってみましょう。以下ネタバレ注意です。
大量のIBMが街に溢れかえる
基地から離れた場所にいたオグラ博士も大量のIBMが竜巻のように発現している様子を確認し、研究者として興味を惹かれる。
制御を失った大量のIBMは街へと溢れ出し、市民や警察官を襲い始めた。
より近くで観察するために基地の方へと歩みを進める博士は、途中でファンと名乗る民間人に声をかけられる。
一方、崩落した基地から脱出した対亜人特選群が攻と秋山と合流、逃げ惑う市民たちを狭い路地の奥へと民間人を誘導し、IBMが自然消滅するまで市民たちを守る戦いが始まる。
そして大破した車から脱出した泉と田中もIBM達と対峙しながら現場へと向かうのだった。
亜人の起源
亜人の起源について、オグラ博士はある仮説を立てていた。
それは何万年も昔、人間の祖先が瀕死の重傷を負った際、強い生への執着という人の心が宇宙の意思に反して黒い物質を生みだしたというもの。
何の根拠も確証もないが、ただ何の価値もないと思われていた人間がまったく新しい何かを作り出した可能性を「信じたい」というオグラ博士が行き着いたものなのであった。
佐藤を逃がすな
圭に最後の挨拶を告げ、ヘリで飛び去ろうとする佐藤。
ところが諦めの悪い圭は佐藤の足を掴み、行かせまいとする。
麻酔の針を打ち込もうとする圭だが、佐藤に振り払われて地上に落下、その際に頭を強打し、一時的な記憶喪失に陥ってしまった。
そのままヘリで逃走を図る佐藤だが、まだ終わってはいなかった。
遠くの屋根から真鍋がスナイパーライフルで佐藤を狙撃。
その銃弾が佐藤の心臓を捉え、佐藤も落下する。
住宅街に落ちた佐藤は近くの開けた場所にヘリを着陸させるようIBMに命じ、ヘリとの合流を目指すことに。
一方、記憶を失い事態が飲み込めない圭は、最後の記憶であるトラックに轢かれる寸前の光景と現状から素早く考えを巡らせる。
自分は今どこにいるのか、目の前にいるおじさんは誰なのか、なぜ自分は拳銃（平沢から託されたもの）を持っているのか…。
自分の記憶が抜け落ちていることを理解した圭は、瞬時に「自分は亜人だ」と確信し、勇気を出して拳銃で自殺。
リセットと共に記憶を蘇らせ、バイクを奪って逃走する佐藤を追うのだった。
市街地での戦い
記憶を取り戻した圭は、佐藤のヘリの着陸地点の見当をつけて先回りするべく、市街地を駆け抜ける。
田中と泉は偶然にもバイクでヘリの所へ向かう佐藤に遭遇するが、田中は一度は自分を助けてくれた佐藤に恩義が残っていたのか、撃つことができずに見逃してしまう。
その頃、市街地の路地で迫りくるIBM達から市民を守る対亜人特選群と攻・秋山。
徐々に押され始めるなか、奥にいる少女の手は不安で震えているのを見た攻は秋山と共に身を挺して肉の壁となって立ち向かう。
そしてオグラ博士も市街地でIBM達と遭遇、IBMの手にかかって死ぬことを受け入れ、身を委ねるのだった。
【16巻のまとめ】
圭がヘリで逃げようとする佐藤に追いすがり、地面に叩きつけられて一時的な記憶喪失に。
ヘリから撃ち落された佐藤が逃げるなか、瞬時に自分の状況を理解して自殺・リセットした圭が先回りを狙う。
他方、市街地では大量のIBMへの対応に追われる攻たち。
果たして戦いの結末は―。
次巻へ続きます。
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